En 1515, la Vierge Marie serait apparue trois fois à la jeune bergère Anglèze de Sagazan. Elle rapporte les messages : « Ici, je répandrai mes dons », « Je veux que l’on construise une chapelle », « N’oubliez pas de remercier Dieu de ses bienfaits ». Après les apparitions de la Vierge, une petite chapelle est construite près de la source. De nombreux pèlerins viennent s’y recueillir, se faisant de plus en plus important, aussi la petite chapelle est remplacée par l’actuelle construite en 1540.

En 1905, l’écrivain et politicien anticlérical Jean de Bonnefon souligna certaines ressemblances entre les origines des sanctuaires de Garaison et de Lourdes : à Garaison, dans une année d’une grande stérilité, la Vierge, habillée de blanc, apparaît à une bergère pauvre, âgée de dix ou douze ans, près d’une source ombragée par une aubépine, et elle demande une chapelle ; les autorités ne croient la messagère qu’après deux autres apparitions et un miracle ; la population se rend alors en procession sur les lieux de l’apparition ; on construit la chapelle demandée et on y conduit l’eau de la source ; les miracles et les guérisons soudaines se multiplient et la voyante entre dans un monastère, les consuls de Monléon lui ayant assuré une pension viagère provenant des offrandes déposées à la chapelle. Bonnefon voyait dans ces ressemblances la preuve que « l’abbé Peyramale et ses complices (…) ont profité des expériences faites trois siècles plus tôt dans les Pyrénées, au village de Garaison »³.

De 1600 à la Révolution française, sous l’impulsion de l’évêque d’Oloron et des religieux résidents, Notre-Dame-de-Garaison est un important lieu de pèlerinage.

En 1903, en application de la loi du 1^er juillet 1901 qui interdit aux congrégations d’enseigner, le collège est fermé. Les religieux Missionnaires de l’Immaculée Conception doivent partir. Pendant la Première Guerre mondiale, Garaison sert de camp d’internement. En 1923, les anciens élèves rachètent les bâtiments : les religieux peuvent revenir et le collège renaître.

En 2000, un incendie ravage l’établissement scolaire. Les membres de la congrégation, fidèles à leur mission, décident de restaurer entièrement les locaux.

En septembre 2015, la Congrégation de Sainte-Croix prend le relais et assure désormais le bon fonctionnement du sanctuaire de Notre-Dame-de-Garaison.